战事后期受朝廷政治斗争影响，明军被迫在条件准备不充分的情况下出兵决战，洪承畴率部直击清军主力被围，各部总兵救援兵马也一同被困，情势危急下洪承畴命令各部趁夜突围，但最终大部分明军战死，部分总兵投降，洪承畴自己也在乱军之中被俘，而真正逃出这一劫难的只有吴三桂一人，明军原本固若金汤的松锦杏三城防线现在只剩了宁远一座孤城，吴三桂所部也成了这时北方明军唯一一只可以投入战争的机动力量。这一方面是一种不幸，但是对吴三桂个人来说，他成为了大明江山不得不倚靠的最后军事力量。后世甚至猜测，是否在此时吴三桂就已经和清军达成了秘密协议，保证了自己的安全出逃，为日后放清兵入关做了铺垫，这些我们不得而知，但是通过松锦之战，吴三桂的领兵才能确实体现无疑。