日本投降后，南京国民政府于1946 年2 月组织了“国防部审判战犯军事法庭”，开始了对侵华日军乙、丙级战争罪犯2000 余人的审判工作。
1946 年10 月25 日，中国战争罪犯处理委员会对日本战犯处理政策会议决议：“与南京及其它各地之大屠杀案有关之首要战犯，应从严处理。”
在中国人民的强烈要求下，中国政府向远东国际军事法庭提出，要求将南京大屠杀的主犯及其他罪大恶极的罪犯引渡到中国，接受中国人民对他们的审判。
战后，根据同盟国协议，将所有的日本战犯分甲、乙、丙3 级。乙级战犯是指违反战争法规的现任责任者，即违反人道罪；丙级战犯是指违反战争法规的直接执行者，即犯直接责任罪。同盟国还议定，将乙、丙级战犯由罪行发生所在国家的军事法庭进行审判。所以，直接指挥进攻南京中华门、并在南京进行血腥大屠杀的乙级战犯谷寿夫，屠杀中国300 余人的丙级战犯田中军吉，在南京紫金山下进行“杀人比赛”的丙级战犯向井敏明、野田岩等人先后被引渡到中国受审。
为此，国民政府分别在南京、上海、北平、汉口、广州、沈阳、徐州、济南、太原、台北等10 处成立审判战犯军事法庭，审判各地区日本侵略者战犯。
这里就南京国防部审判战犯军事法庭对战犯谷寿夫、田中军吉的审判情况略作介绍。
战犯谷寿夫率领的第六师团是最早攻陷南京城的侵华日军，谷寿夫师团一直驻扎在包括雨花台在内的中华门一带，所部在南京停留约10 天。这期间是日军在南京暴行最高峰的时候，也是战犯松井石根要日军发扬“武威”的时候，而中华门又是当时日军杀人最多、暴行最惨的地区之一。谷春夫于1946年2 月2 日在东京被捕，被关进巢鸭监狱，同年8 月1 日，经远东国际军事法庭将其引渡到中国。
1946 年8 月3 日，谷寿夫在上海战犯拘留所期间，由国民政府第一绥靖区司令部军事法庭对他进行了询问，但此人老奸巨滑，在回答问题的时候，避重就轻。当检察官问他的经历及几次侵华路线时，他侃侃而谈，说得很清楚。当问到他有关南京大屠杀的情况时，他时而装糊涂，时而矢口否认，并推托说：“12 月21 日奉命到芜湖，在南京只有一个礼拜，没有听说屠杀消息。”
1946年10月19日，国防部审判战犯军事法庭提审谷寿夫，谷犯对于1937年12 月13 日由中华门入侵南京供认不讳。但他又故伎重演，否认在南京发生了大屠杀暴行。但事实是不容篡改的。法庭在起诉书中指出了谷寿夫的犯罪事实及起诉理由：谷寿夫为日本侵略战争中的激进军人，一生充任军职，在中国先后率所部入侵济南、华北等地，沿途纵部任意抢、杀、奸、烧、掠，罪不容辞。驻兵南京期间，为宣扬日本武威，以摧残中国民众抗日精神与民族意识，与中岛今朝吾等部，发动举世震骇、旷古惨劫之南京大屠杀，被害者达数十万人。起诉书的附件中，附有成千上万的杀、奸、抢、烧等事例，此为人类文明史上的奇耻大辱，被告以其毕生精力，推行“日本证服东亚必先征服中国”的侵略国策。
起诉书最后指出：被告处心积虑，从事侵略、破坏国际和平，侵犯中国主权的罪行，在战争中又违反人道及战争法规，以种种暴行加于手无寸铁的平民和已放下武器的被俘士兵，并在南京造成旷古未有的浩劫，穷凶极恶，举世公愤，并应科处极刑，维护正义与和平。
1947 年2 月6 日至8 日，国防部审判战犯军事法庭在励志社（现南京市中山东路307 号）大礼堂，对战犯石寿夫进行了为期3 天的公审，被告供认他所率领的侵华日军参加侵略中国的战争，与战犯中岛、牛岛等部队入侵南京，但对其所部在南京所犯的罪行则进行狡辩抵赖，推卸责任。
接着，由中国参加挖掘被害人尸骨的法医潘英才说明红十字会当时所埋尸骨，及中华门外被侵华日军屠杀的无辜平民，大多数有被日本兵枪杀，以及被铁器所击致死的伤痕。
继由当时的红十字会副会长许传音出庭作证，叙述他亲眼所见侵华日军在1937 年12 月13 日占领南京城后，到处杀人、奸淫、放火、抢劫的情形，并证明当时红十字会掩埋被害人尸体有4 万余具。
金陵大学教授贝德士的证词指出：“自1937 年12 月13 日日本军队进入南京城后，在广大范围内放火、抢劫、杀死、刺伤与强奸平民，并枪杀彼等认为曾是中国军人之非武装人员，情势万分严重，达3 星期至7 星期之久。前3 星期内，尤其是前7 天至10 天内，对损害生命所犯之罪恶无可指数。本人曾见日军枪毙中国平民，满城各街尽是死尸。”
军事法庭在1947 年3 月10 日的最后审判中指出：“被告所部在攻陷城后，与各会攻部队，分窜京市各区，展开大规模屠杀，计我被俘军民，在中华门、花神庙、小心桥、正觉寺、万家山、下关草鞋峡等处，惨遭集体杀戮及焚尸灭迹者，达19 万以上。在中华门下关码头、东岳庙、堆草巷等处，被零星残杀、尸体经慈善团体掩埋者，达15 万人以上，被害总数共30 余万人。这些事实，已经有身历其境的证人殷有余等人及当时主持掩埋尸体的许传音等人具结证明。此外，还扣获日本侵略军为炫耀武功而拍摄的屠杀照片和屠城电影片及其他资料为证。其中，日军谷寿夫部队，攻陷南京，由中华门首先进城，先行屠杀，就此两天（12 日、13 日）内，中华门内外，遍地尸首，惨不忍睹，有的日军还用刺刀刺孕妇腹部，致腹破坠胎而死。”
该庭还指出：“按被告与各会攻将领率部陷我首都后，共同纵兵肆虐，遭杀戮者达数十万众，更以剖腹、枭首、轮奸、活焚之残酷行为，加诸徒手民众与无辜妇孺，穷凶极恶，手段之毒辣，贻害之残烈，亦属无可矜全，应科处极刑，以昭炯戒。”
国防部审判战犯军事法庭基干上述结论，依法判处谷寿夫死刑。
1947 年4 月26 日上午11 时，战犯谷寿夫被绑赴雨花台刑场，执行枪决。南京成千上万的民众，其中有当年大屠杀中被害人的家属及亲友，他们站在街道两旁及刑场周围的山坡上，观看这个屠杀南京人民的刽子手的可耻下场。
田中军吉被列为战争罪犯后，由驻日盟军总部将他逮捕归案。乘“建国号”飞机，于1947 年5 月18 日抵达上海，旋即押解南京。5 月29 日，南京军事法庭即开始审讯。
1947 年12 月18 日，国防部审判战犯军事法庭决定：战犯田中军吉与战犯向井敏明、野田岩合并审判，并在励志社进行公审。公审后，该庭对战犯田中进行了宣判：战犯田中军吉隶属于第六师团谷寿夫部队，充任大尉中队长，于1937 年12 月侵入南京的时候，在南京城西一带，用日“助广”之剑，砍杀俘虏及非战斗人员300 余人，已为被告所承认，并有日本军官山中峰太郎所编《皇兵》一书，刊登该被告之军刀照片并标载“曾斩300 人之队长爱刀‘助广’”等字样可稽。并有该被告亲自挥刀斩杀中国平民的照片，可资印证。可见战犯田中军吉是南京大屠杀中实施杀人的共犯之一。根据被告连续屠杀俘虏及非战斗人员，违反了海牙陆战规例及战时俘虏待遇公约，构成了战争罪及违反人道罪。故依法对战犯田中军吉判处死刑。
1948 年1 月27 日，南京军事法庭张贴了关于判处战犯田中军吉等死刑的布告：查战犯向井敏明、野田岩、田中军吉等（即南京大屠杀案共犯），在作战期间共同连续屠杀俘虏及非战争人员，罪证确凿，经本法庭依法判决，各处死刑。28 日正午12 时，由庭检察官将战犯向井敏明、野田岩、田中军吉等3 名提案，验明正身，押赴雨花台刑场执行死刑。
为了彻底清算日军侵华罪行，新中国政府也组织了特别军事法庭，于1956 年6 月至7 月，对关押在中闰的重要日本战争罪犯进行了审判，困审判在沈阳和太原进行，故称为“沈阳和太原审判。”
沈阳特别军事法庭于1956 年6 月9 日至19 日、7 月1 日至20 日分别对前日本陆军第一一七师团中将师团长铃木启久等8 名战犯的侵华战争罪、违反战争法和人道原则一案与前伪“满洲国”国务院总务长官武部六藏等28名战犯组织和操纵伪满傀儡政权、侵略中国罪一案进行了审判。
从6 月9 日至13 日下午，法庭对被告的犯罪事实进行了调查，在确凿的证据和证人的证词面前，8 名被告都当庭服罪。
法庭首先审问了铃木启久。证实铃木所部在1941年12月至1944年10月，在河北、河南等地犯下了集体屠杀和平居民的罪行。 1942 年10 月，被告为了执行“三光政策”，曾向所属第一联队和骑兵队下过“彻底肃清潘家戴庄”的命令。一手制造了潘家戴庄（即河北省丰润县潘家峪）惨柔。这次屠杀的幸存者之一、44岁的农民周树恩出庭作了证，他是在屠杀后从埋人的坑里逃出来的受害人，并诉说了他一家13口人，被杀了6口，材中粮食牲畜被抢劫一空的情况。
铃木启久所犯的各项罪行，为被害人和被害人亲属的控诉书181件、证人的证词45件、查讯笔录89件、照片38张等证据所证实。
法庭继续审问了藤田茂等7名战犯。证实了这些被告，有的命令所属部队残杀和平居民，制造了骇人听闻的惨案；有的命令所属部队杀害我被俘人员；有的命令把我国百姓当作训练新兵刺杀的“活靶”或作为战场上的“扫雷工具”；还有的甚至指挥部下对我和平居民施放毒气、将拘禁者作为试验细菌武器的实验材料，都对我国人民犯有不可饶恕的罪行。
特别军事法庭在6月19日上午8点30分开庭宣判结果：判处铃木启久徒刑20 年，藤田茂、上坂胜徒刑各18 年，佐佐真之助、长岛勤徒刑各16年，船木健次郎徒刑14年，鹈野晋太郎、木神原秀夫徒刑各13年。
在沈阳审判的同时，中华人民共和国最高人民法院特别军事法庭于6月10日至11日、6月12日至20日分两次在太原，对富永顺太郎战争犯罪和特务间谍犯罪案以及城野宏等8名战争罪犯进行了审判，并按其罪行分别判处有期徒刑。
在沈阳和太原审判的同时，根据全国人大常委会《关于处理在押日本侵略中国战争中战争犯罪分子的决定》，最高人民检察院子1956 年6、7、8月间，先后分3批对上中正高、小羽根建治、小林高安等在押的1017名罪行较轻、悔罪表现较好的日本战争犯罪分子，宣布从宽处理，免予起诉。这样，除了被最高人民检察院提起诉讼、受到法庭审判处刑的罪犯之外，在押的其他日本战犯都被释放回到日本。
沈阳和太原审判，以及我国政府分3批释放在押的日本战犯，在国内外均获得了良好的反映。受审判的45名战犯，在特别法庭判决宣布后，大都表示要悔罪认罪、重新做人。 1956 年6 月23 日，第一批被释放的335 名日本战犯曾到天津抗日烈士纪念馆向中国烈士献花圈、默哀致敬。他们在悼词中说：“决不再走过去的罪恶道路，决不容许残酷的、非人道的侵略战争再在人类历史上出现。”
正如前远东国际军事法庭中国法官、我国国际法学家梅汝璈先生所说的那样：“中国政府对日本战争犯罪分子的处理是严正的，同时也是非常宽大的。”这种处理表示了中国人民对日本人民极为旷达的胸怀与希望和平共处的真诚愿望，对保卫远东和平产生了深远积极的影响。
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