1946 年5 月3 日上午8 点42 分，在一前一后两辆雪白的吉普车护卫下，一辆美国大型军用客车“嘎吱”一声停在了东京市谷高地的一座建筑物前。远东国际军事法庭将在这里——前日本陆军省大厦会堂内正式开庭。具有讽刺意味的是，这座大厅，曾经是日本各军阀首脑阴谋策划、发号施令侵略中国、进攻东南亚、发动太平洋战争的“地方”，如今则成了审判、清算这批战犯自身的法庭。
在大厅靠近厅壁的高台上，是长长的法官席，后墙上悬挂着参加法庭组织的11 国国旗，各国法官就在自己国家的国旗前依次入座。正中是澳大利亚法官、审判长韦勃，他的右侧是美国法官，左侧是中国法官。靠着法官台对面的厅壁设有半圆形的被告人席和辩护人席。审判厅的右侧有池座和楼厢，池座是新闻记者席，楼厢是作为旁听席，分为两部分：一部分为日本听众席，另一部分为美国听众席。旁听者持有恃许通行证就可以听审，但必须经盟国军警搜身检查。
从清早起，法庭的旁听席已座无虚席。中、美、苏、英4 国对日管制委员会中的中国代表朱世明、美国第八军司令艾契堡等人，也作为联合国方面的代表列席旁听。
战犯们先被带到审判大厅被告传唤室，十一时左右被传呼入法庭。此时，无论是法官、检察官、翻译人员，还是旁听者，目光都不约而同地集中到了被告席上。人们都想看看，这些不久前曾在太平洋地区兴风作浪的“英雄”，妄图玩弄数十亿人民之命运于掌股之上的“大人物”、欠下亚洲及太平洋地区几千万人民血债的刽子手，如今成了什么模样。
28 个被告分为两排坐在被告席上，前排之首是土肥原贤二，后排之末是坂垣征四郎。他们有的披着和服，有的穿西装，也有的一本正经穿着军装。一个个脸色苍白，神情沮丧。其中虽也有几个人装模作样地把身子挺得笔直，竭力装出毫不在乎的样子，但却掩饰不住惶恐不安的眼神。
据当时各国记者的报道，此时的东条英机与其他27 名首要战犯，审判前所抱的轻松心情已完全消失。以前，东条英机在狱中闲读日本各家经典，现在仅翻阅报纸了。并很注意审判消息，认真摘要，然后沉思默想。审判之前，在这批战犯之间盛行着的“棋战”，现在也都兴趣全无了，所有战犯都开始注意报上刊载的审判消息，内心都惶惶不安，不知道等待自己的将是何种命运和下场。
法庭对日本战犯的起诉书是4 月29 日公布的，被起诉的有土肥原贤二、广田弘毅、板垣征四郎、松井石根、东条英机、梅津美治郎等28 人。
原告为美、中、英、苏、澳、加、法、荷、新西兰、印度、菲共11 国。
起诉书把犯罪分为3 类：第一类，破坏和平的犯罪。第二类，杀人罪。第三类，战争犯罪及对人道的犯罪。共提出55 项诉因。28 名被告不仅作为
犯罪军阀及共犯而有罪，对战争中的手人和违反陆战法规也有个人的罪责。
东京审判的认罪传讯是在开庭的第三天，即6 日上午进行的。首先点名呼叫被告，接着询问是否承认起诉书里列举的罪行。被告要是承认有罪，就不需要辩论，直接进行量刑宣判。要是提出无罪的话，接着就开始辩论。这些狡猾的战争狂人通常都会宣称无罪。这是法庭早有所料的。
传讯时按字母顺序一个个地点名。首先是荒木贞夫起立，韦勃审判长问：你主张有罪还是无罪？荒木一下子胡子扬起来，脸上绷紧了，稍稍挺挺身子，一字一顿地说：“这件事，由辩护人来回答。”但韦勃审判长宣布被告必须自己说，荒木才有点不服地说：“无罪！”
接着，土服原：“主张无罪！”
畑俊六微微血色上涌，小心翼翼地回答：“对于全部诉因主张无罪。”
板垣、贺屋、木材、松冈..都宣称自己“无罪”。
最后，东条像是从胸膛里挤出话来似的：“对——全部诉因——”在这儿顿了一下，这是东条的习惯。接着，慢条斯理地说：“我——，主张无罪。”
虽然这些刽子手们都厚颜无耻地称自己无罪，但历史和事实是无情的，他们往日的丑恶行径，也不是战犯们几个字就能篡改得了的，法庭已收集了充分的证据来揭露和审判其罪行。
东京法庭自1946 年6 月3 日开始，进入出示证据（包括人证、物证）阶段。首先由检察方面提供证据。
由于东京审判牵涉的历史性事变和事实非常繁杂，仅引证与控告被告犯罪有直接关系的国际条约和协定就有数十种之多，而依据《远东国际军事法庭宪章》第十三条（1）项的规定，出示证据方不必对众所周知的历史事实、条约和协定都加以证明。因此，检察方面的第一步工作是把不需要证明的事实列出来提交法庭通过。第二步工作是把起诉材料分为若干部分，而将每一部分的工作委托给一位陪席检察官去做。起诉材料共分为13 个部分：
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第二、1931 年至1945 年对中国东北（满洲）的军事侵略。
第三、1939 年至1945 年对中国的军事侵略。
第四、在中国和其他被占领地方做麻醉品买卖。
第五、1932 年至1945 年对中国的经济侵略。
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第十二、在陆上和海上对战俘所犯的罪行。
第十三、对占领区平民所犯的罪行。
对于上述13 个部分，检察官一般是按照下述原则进行分工的，即起诉部分的证据，各由所调查情节关系较密切的国家的检察官负责提出。
从1946 年6 月4 日至1947 年1 月24 日，法庭接受检察方面提出、作为证据的文件共计2485 件，证人书面证言561 件，并有109 名证人到庭作证。此外，法庭的速记记录共达16259 页。可以说，在战争中所有遭受日本侵略、或者与日本有某种关联的国家和地区，都有人出庭指控和作证。
当时，令东京中国法官们日夜焦虑的，就是怎样使双手沾满中国人血腥的主要战犯能够受到法律的严裁。在东京帝国饭店的一问客房里，中国的法官和检察官，还有秘书、翻译举行了数不清的会议。他们抱定一个决心：如果侵略我国的主要日本战犯得不到严惩，就无脸见江东父老，就一齐跳海自杀！
他们仔细研究英、美的法律程序，据理力争。又调阅了盟国的大量档案材料，从中搜寻证据。在茫茫大海中，他们找到了一根又一根可以刺死战犯的钢针！一件日本军部发给战区司令长官的“最机密”的命令：“士兵们把他们对中国士兵和平民的残酷行为说出来是不对的。”还有一件是苏联红军在缴获德国外交部机密档案库时发现的、德国驻南京大使馆发给德国外交部的关于侵占南京日军暴行的一个秘密电报。在描述了日军在南京屠杀、强奸、放火、抢劫的普遍情况后，电报结尾是：“犯罪的不是这个日本人，或者那个日本人，而是整个日本皇军..它是一部正在开动的、野兽的机器。”因为它来自法西斯阵营的内部，各国的法官们对它给予很高的作证评价。
法庭需要详尽、具体和大量的人证和物证。这是雪国耻、报深仇的时机！中国检察官首席秘书裘绍恒向法庭提出了实地调查的请求。他带了2 个美国人来到南京，和地方法院配合，取得了大量实证。最后，他还带来了大屠杀时幸存者伍长德和金陵大学的一个美籍教授。
所以，当南京大屠杀的罪魁祸首松井石根被押上被告席的时候，他面对的是一个又一个南京大屠杀的幸存者，受害者和目击者的证人。尤其使松井感到惊愕的是美国人、英国人也站到了证人席上，金陵大学医院外科主任、美国医生罗伯特·威尔逊述说了他目睹被日军杀伤的中国军民的惨象。约翰·梅奇牧师也控诉了日军杀人、强奸和抢劫的事实..。金陵大学美籍教授M·s·贝德士站在证人席上，陈述着他目击的凄惨情景：
“日军进城后的几天间，我家附近的马路上被他们射杀了无数平民，尸体比比皆是。”
“一大群中国兵在城外就投降了，被解除了武装，3 天后被日军的机枪扫射死了。”
和中国检察官首席秘韦裘绍恒一起到南京调查的美军上校托马斯·N·英罗向法庭提供了他精心收集到的8 件宣誓证词。英国人彼特·罗伦斯和中国证人许传音、尚德义、梁廷芳、伍长德..站到了证人席上。他们庄严地在法庭上宣誓：他们陈述的都是事实。
除了许多证人，中国检察官还向法庭提供了美国费吴生、史密斯和中国的鲁苏、陈瑞芳、孙永成、吴经才等13 人的宣誓证言66 件！
面对这些证据，松井石根只能是一脸的懊丧和无奈。他确实有些懊丧，他也知道“士兵之罪，责在将帅”。攻占南京时，他曾对他的部队发出过“整饬军纪与风纪”的训示，但他也发出过“发扬皇军武威”的命令。结果呢？正如他在1937 年12 月18 日的“忠灵祭”上斥责部下时说的那样：“你们艰苦奋斗，振我皇威，可惜部分士兵之暴行使皇威一举扫地..”
即使如此，在法庭上他还要千方百计地为自己的罪行进行辩护。
检军官问道：“被告松井石根，你见过国际委员会送交的日军暴行报告没有？”
“见到过。”他说。
问：“你采取过什么行动？”
答：“我出过一件整顿军纪的布告，贴在一座寺庙门口。”
问：“你认为在浩大的南京城内，日军杀人如麻，每天有成千上万的男女被屠杀和强奸，你的这张布告会有什么功效吗？”
松井无话可说了。他想了想又说：“我还派了宪兵维持秩序。”
问：“多少宪兵？”
答：“记不清了，大约几十名。”
问：“你认为在几万日军到处疯狂杀人、放火、强奸、抢劫的情况下、这样少数的宪兵能起制止作用吗？”
他低下了头，说了一句只有他自己听得见的话：“我想能够。”
当证人证实，当时南京只有17 名宪兵，而这些宪兵也参加了暴行的时候，松井一副窘态，说不出话来了。
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