万历末年，围绕着皇帝宝座的争夺紫禁城内连续发生了三件疑案，分别发生在三个皇帝在位期间，即万历皇帝和儿子光宗朱常洛以及他的孙子熹宗朱由校，这就是有名的“明末三案”——“梃击案”、“红丸案”和“移宫案”。这三案彼此牵连，影响重大，关系到明朝后期政治权力的争斗，一直被史学家们所重视。但由于这三案涉及的时间久，人物多，经纬复杂，因此其中真相一直扑朔迷离。
就在万历皇帝立太子不久后的万历四十三年（1615），皇宫内发生了一件怪事：这天，一个中年汉子手拿一根木棍跌跌撞撞地打入太子朱常洛居住的慈庆宫，并将把守宫门的太监击伤，直到闯入前殿檐下，才被太子的内侍韩本用等人捉住。
说到这里，就有必要先对万历皇帝的情况作一些介绍，因为“明末三案”的起因，都和万历皇帝对立太子的态度和其本人的行事有关。
万历皇帝是明朝在位时间最长的一个皇帝，名朱翊钧，年号为万历，死后谥为神宗。他是明朝第十三个皇帝，在明朝16帝中，他在位时间最久，从隆庆六年（1572）六月即位算起，至万历四十八年（1620）七月去世，身居帝位长达48年。他同时又是明朝最有争议的皇帝，据史书记载，他贪财好色，懒散拖沓，多年倦于朝政，对国事漠不关心，曾经创下二十几年不上早朝召见大臣的记录。
曾有海外学者提出，在明朝，内阁制度长期以来形成的中央国家机器的自我运转，使得万历清醒地认识到作为皇帝，即使想有所为，也会受到各种掣肘而无所行事，因此他便以不临朝为抗争。但比较客观的事实是，万历登基时年仅10岁，还是个小孩，扶植他的一个是母亲李太后，一个是太监冯保，另一个是内阁首辅张居正。
这3个人互相利用、互相合作，万历就是在他们的管制下成长起来的，最高统治权旁落到这3人手中。长期的约束，使得万历在真正能够行使自己手中的大权后，却早已厌倦了朝廷的事情，反而是贪钱之心十分重，凡是朝中大臣有什么请求，他一定要索取钱物等报酬，将朝廷的事视若商人之间的交易。在这样的心态下，又碰到了在立太子问题上与朝廷大臣之间形成对立，这就更是给了万历皇帝借题发挥的机会。
这种情况到了万历十四年皇三子朱常洵出世后，发生了变化。原来皇三子朱常洵的母亲郑贵妃是万历最宠爱的妃子，她因为生下了皇三子，被封为皇贵妃，地位比生下皇长子的王恭妃还高，这样一来引起大臣们的不满，他们认为这不符合礼法，郑贵妃的地位不应该高于生下皇长子的王恭妃。大臣们不仅私下议论纷纷，还为此专门上奏折议论此事，要讨个说法。
恰巧在此时，宫中又传出皇帝与郑贵妃有了秘密约定，许诺要将皇位传给皇三子。这样更引起了大臣们的担心和议论，纷纷上疏要求早点将皇长子朱常洛的太子地位明确下来。对此，万历皇帝既想改立皇三子，但碍于大臣们的阻力太大，又不能不考虑，况且太后也反对。为了避免两边都不好交待，就将大臣的奏章统统“留中”，就是既不答复也不发还，想拖些时候再说。
于是，在太后、大臣和皇帝与郑贵妃之间就形成了长达10多年的建储之争，立太子的事就这么拖了下来。时间一年年过去，万历皇帝已经40岁了，众大臣锲而不舍，要求立太子的奏章越来越多，眼看着再拖下去是说不过去了，万历皇帝只好立朱常洛为东宫太子，这时朱常洛已经20岁了。
虽然立太子最终以大臣们的胜利告终，但是郑贵妃并不死心，仍想寻找机会废掉太子，但由于当时支持太子的李太后还在，郑贵妃也不敢轻举妄动，直到万历四十二年李太后死后，第二年就发生了前面说的“梃击案”。
事件发生以后，引起了朝廷上下的关注，京师百官群情汹涌，都认为是郑贵妃在后面捣鬼，要迫害太子。万历皇帝也不能明显包庇，就一边命令刑部官员审理，一边想大事化小。审理的结果是，说闯进宫里的人叫张差，是蓟州井儿峪人，闯宫的原因是被人烧了供应差役的粮草，一气之下来到京城，要向朝廷申冤，结果误闯宫门。刑部判案的结论是，张差语言混乱，好像是个疯子，就以“疯癫闯宫罪”论处，草草了事。
这个结果最符合万历皇帝的心意，因为不用再对幕后指使人进行追究了。但是，朝廷大臣们却不相信，也不答应。不能明着和皇帝对着干，有个刑部主事叫王之（音cDi）的就想办法私下去牢里审问张差，结果却让人大吃一惊：张差供称是受了宫里太监指使闯宫梃击的，指使的人是郑贵妃翊坤宫中的大太监庞保、刘成及其亲戚马三道、李守才等人。供词一出，举朝哗然，大臣们再次向皇帝上奏折要求彻底查清幕后指使人，同时大臣们明确地将怀疑的对象指向了郑贵妃及其兄弟郑国泰身上，因为在“梃击案”之前就曾经发生过针对太子的“妖书案”，当时的种种迹象表明与郑国泰有关。
大臣们要求将张差及所供称的这些人一并交给三法司重新审讯，要查个水落石出。万历皇帝被弄得没办法，只好一方面命郑贵妃向皇太子表明心迹，说她是爱护太子的，另一方面又要太子向廷臣表明态度，证明此事与郑贵妃无关。而身为太子的朱常洛长期处于担惊受怕的境况下，也希望尽快了结此案。于是，皇帝召集大臣们公开处理此案，宣布此案幕后指使人是庞保、刘成，而凶犯张差是个有精神病的人，下令将这三个人处决，与其他人无关，太子也当众向大臣表了态。这样，事情才算告一段落。
张差被处死后，由于郑贵妃的求情，庞保和刘成并没有被当场处决，又生出一些枝节来，但最终万历皇帝担心因此而惹来麻烦，就将庞保、刘成二人在宫内秘密处死。这反而又给此案留下了种种疑云，因为庞、刘二人被灭口，恰恰暴露了当事者心虚的一面。据说，张差本人在临刑时就曾颇感冤屈地说：“同谋做事，事败独推我死，而多官竟付之不问。”确实，张差成为争夺太子之位的一个牺牲品，成为皇帝与廷臣们争斗的一个工具，而其中反映出的却是明朝宫廷内部争斗的残酷性。