《明史列传》中有关陈子龙怎么死的细节，描述得十分详尽。
崇祯十七年，李自成攻破北京后，明朝大势已去，崇祯帝在煤山自缢身亡，与此同时，清军南侵的步伐更加步步紧逼，陈子龙遂率领浙东义师扼守江南，继续与清军抗衡。
永历元年五月，陈子龙准备与吴胜兆联手抗清，不料吴胜兆未举兵而泄密，致使浙东义师损失惨重，陈子龙、夏完淳等主要骨干人物皆被清军俘虏，轰轰烈烈的抗清运动因而宣告失败。
在被押解回京途中，陈子龙不愿苟且偷生，于是趁看守不备，投水殉国，待清兵将其打捞上来时，陈子龙已气绝多时。
据说陈子龙死后，清军还曾残忍地将他凌迟斩首，弃尸水中。次日，陈子龙的门生王沄、轿夫吴酉等人在毛竹港寻回他的遗体，并具棺妥善殓葬，时年四十岁的陈子龙才得以入土为安。