59 宇多天皇 うだ 887年8月26日—897年7月3日
60 醍醐天皇 だいご 897年7月3日—930年9月22日
61 朱雀天皇 すざく 930年9月22日—946年4月20日
62 村上天皇 むらかみ 946年4月20日—967年5月25日
63 冷泉天皇 れいぜい 967年5月25日—969年8月13日
64 圆融天皇 えんゆう 969年8月13日—984年8月27日
65 花山天皇 かざん 984年8月27日—986年6月23日
66 一条天皇 いちじょう 986年6月23日—1011年6月13日
67 三条天皇 さんじょう 1011年6月13日—1016年1月29日
68 后一条天皇 ごいちじょう 1016年1月29日—1036年4月17日
69 后朱雀天皇 ごすざく 1036年4月17日—1045年1月16日
70 后冷泉天皇 ごれいぜい 1045年1月16日—1068年4月19日
71 后三条天皇 ごさんじょう 1068年4月19日—1072年12月8日
72 白河天皇 しらかわ 1072年12月8日—1086年11月26日
73 堀河天皇 ほりかわ 1086年11月26日—1107年7月19日
74 鸟羽天皇 とば 1107年7月19日—1123年1月28日
75 崇德天皇 すとく 1123年1月28日—1141年12月7日 保元之乱。
76 近卫天皇 このえ 1141年12月7日—1155年7月23日
77 后白河天皇 ごしらかわ 1155年7月24日—1158年8月11日 源平之争开始。
78 二条天皇 にじょう 1158年8月11日—1165年6月25日 奔驰之乱，源义朝被杀，
其子赖朝被流放，平氏专权。
79 六条天皇 ろくじょう 1165年6月25日—1168年2月19日
80 高仓天皇 たかくら 1168年2月19日—1180年2月21日
81 安德天皇 あんとく 1180年2月21日—1185年3月24日 平氏一族灭亡。
82 后鸟羽天皇 ごとば 1183年8月20日—1198年1月11日
83 土御门天皇 つちみかど 1198年1月11日—1210年11月25日
84 顺德天皇 じゅんとく 1210年11月25日—1221年4月20日 承久之乱发生，朝廷倒幕军战败，
朝廷自此被幕府所控制。
后鸟羽天皇、土御门天皇、顺德天皇被流放。
85 仲恭天皇 ちゅうきょう 1221年4月20日—1221年7月9日 承久之乱发生后被废黜，仅在位77日。
86 后堀河天皇 ごほりかわ 1221年7月9日—1232年10月4日
87 四条天皇 しじょう 1232年10月4日—1242年1月9日
88 后嵯峨天皇 ごさが 1242年1月9日—1246年1月29日
89 后深草天皇 ごふかくさ 1246年1月29日—1259年11月26日
90 龟山天皇 かめやま 1259年11月26日—1274年1月26日
91 后宇多天皇 ごうだ 1274年1月26日—1287年10月21日
92 伏见天皇 ふしみ 1287年10月21日—1298年7月22日
93 后伏见天皇 ごふしみ 1298年7月22日—1301年1月22日
94 后二条天皇 ごにじょう 1301年1月22日—1308年8月25日
95 花园天皇 はなぞの 1308年8月26日—1318年2月26日
96 后醍醐天皇 ごだいご 1318年2月26日—1336年8月15日
97 后村上天皇 ごむらかみ 1331年9月20日—1333年5月25日 南朝天皇。
98 长庆天皇 ちょうけい 1336年8月15日—1348年10月27日 南朝天皇。
99 后龟山天皇 ごかめやま 1339年8月15日—1368年3月11日 南朝最后一任天皇。
北朝1 光严天皇 こうごん 1348年10月27日—1351年11月7日
北朝2 光明天皇 こうみょう 1352年8月17日—1371年3月23日
北朝3 崇光天皇 すこう 1368年3月11日—1383年10月
北朝4 后光严天皇 ごこうごん 1371年3月23日—1382年4月11日
北朝5 后圆融天皇 ごえんゆう 1383年10月-1392年10月5日
100 后小松天皇 ごこまつ 1382年4月11日—1412年8月29日 北朝第六代天皇，在将军足利义满的协助下，
接收了南朝后龟山天皇交出的传国神器，
统一了南北朝。
101 称光天皇 しょうこう 1412年8月29日—1428年7月20日
102 后花园天皇 ごはなぞの 1428年7月28日—1464年7月19日
103 后土御门天皇 ごつちみかど 1464年7月19日—1500年9月28日
104 后柏原天皇 ごかしわばら 1500年10月25日—1526年4月7日 即位21年后才行即位仪式。
105 后奈良天皇 ごなら 1526年4月29日—1557年9月5日 织田信长(1534年)诞生。)(生卒年:1534年-1582年)
106 正亲町天皇 おおぎまち 1557年10月27日—1586年11月7日
107 后阳成天皇 ごようぜい 1586年11月7日—1611年3月27日 丰臣秀吉、德川家康等大名在京都聚乐第觐见天皇。
108 后水尾天皇 ごみずのお 1611年3月27日—1629年11月8日
109 明正天皇 めいしょう 1629年11月8日—1643年10月3日 女天皇。
110 后光明天皇 ごこうみょう 1643年10月3日—1654年9月20日
111 后西天皇 ごさい 1654年11月28日—1663年1月26日
112 灵元天皇 れいげん 1663年1月26日—1687年3月21日