后来根据实际情况进行了整顿。抗日战争接近尾声时，抗日战争第四战区与抗日战争第三战区进行了合并。1937年，根据中华民国政府的安排，抗日战争第四战区由何应钦管理，其中第四战区管辖第四集团军和第十二集团军。

1938年，抗日战争第四战区作了整顿，其中司令长官一职还是由何应钦担任。并且，作战地区变为广西和广东一带，抗日战争第四战区的第十二集团军由余汉谋领导。总的来说，抗日战争第四战区共管辖九个步兵师、两个步兵旅。

1939年，抗日战争第四战区作了较大的整顿，其中司令长官由何应钦变为张发奎。并且，抗日战争第四战区的作战范围改变为两广一带。除此之外，抗日战争第四战区包含第九集团军、第十二集团军、第十六集团军，其中第九集团军由吴奇伟带领，第十二集团军由余汉谋带领，第十六集团军由夏威带领。

总的来说，调整后的第四战区还是管辖九个步兵师，两个步兵旅。中华民国政府经过实际情况对抗日战争第四战区进行了整改，以此保障充沛兵力来对抗日军。