到了11月初，中国的战争使近卫首相、天皇和陆海军统帅部清楚地认识到，需要建立一个更为合理更为有效的最高指挥机构，以统制战地部队实施国家政策。10月已经建立了一个内阁计划委员会。11月27日，裕仁在近卫的建议下，下令在宫中成立“大本营”(天皇的司令部)，这是一个纯军事机构，裕仁通过它可以行使大元帅的宪法职权，使陆海军能够更加统一行动。从此，一周中有几天的上午，陆军参谋总长、海军军令部部长，陆相、海相、陆海军的作战课课长和裕仁的侍从武官长都会在宫中商议几个小时。大本营有200多人，最初更近似于一个随意的军官聚会，而非近卫原来所设想的，是一个有效的经营战争并且协调政治和战略的机构。
同时，也是在近卫的推动下，1937年11月19日，组建了一个政府内部的联络组织：大本营政府联络会议，近卫希望陆海军统帅部与政府能进行更紧密的协商。会议的目的是协助将两个军事部门的决定和要求与政府其他部门的政策和对策统一起来。这个联络会议从一开始也是一个临时的，很少召集会议交流情况。
联络会议的最终决议在有裕仁亲自参加的特别会议上进行决定和正式公布。这些“御前会议”(天皇会议)既不是依照政府规定设立的，也与宪法程序无关。然而由于是天皇召集并批准了会议的决议，当时的日本人就认为御前会议是合法的，即使实际参加会议的只有首相和财政大臣等少数国务大臣。从1938年1月11日到1941年12月1日为止，御前会议至少召集了8次。参加御前会议的人除了天皇以外，还有陆军参谋总长及次长、海军军令部部长及次长，陆相、海相、首相、藏相、外相、枢密院议长和计划院总裁。陆海军的军务部长和内阁秘书们不能参加御前会议。除了1941年的两次重要的御前会议，报纸都在会议之后立即向公众进行了报道。报道都很简练，包括会议参加者和他们的服装，同时强调决议为全员一致通过。
裕仁主持御前会议，并批准那些不仅影响着日本命运、而且受日本政策牵连的中国及其他国家的命运的决策。御前会议通常在大本营政府联络会议之后举行，而在联络会议上，各个利益党派达成的决议中就有天皇的参与，所以昭和天皇对将要“决定”的事务内容，事先就已经掌握。从根本上讲，御前会议的目的是为裕仁天皇提供一个表演的场合，就好像他是一个真正的立宪君主，对自己的行为不承担责任，只是依从顾问的建议在批准事项。在这些会议上，文职大臣们身着晨礼服，军事官员则是正装军服。然而，这些戏剧性的要素掩盖不了会议的重要性。并不是所有的御前会议都是同样形式，天皇在所有的会议上也并不是都缄口不言。
御前会议是将“天皇意志”合法地转换为“国家意志”的工具。因为每个参与审议的人都可以声称他们是顺应、根据和在天皇独一无二的权威之下行动的，而天皇则可以声称他是依照国务大臣的建议行事的，所以，御前会议分散了承担责任的主体。从这个意义上讲，它是日本的无责任习惯的最高体现，因为它支撑了4个不同的假象：(a)内阁拥有真正的权力；(b)内阁是天皇最重要的顾问机构；(c)内阁与军统帅部之间对需要商议的事务经过妥协达成合意；(d)天皇是一个被动的君主，仅仅是批准那些提交上来的各项政策决议。但事实正好相反：一个无力的内阁，一部被阉割的宪法和一个强有力的天皇。他通过各种不同的干涉方式，间接地、但每一次都是决定性地，积极地参与了侵略的策划并引导了实施的全过程。
大本营的主要成员都向裕仁提出建议，但是能将天皇的命令传达给陆海军战地指挥官的只有统帅部长。通过大本营，裕仁对陆海军行使了最终指挥权，其中包括直接听从天皇指令的战地部队：关东军和在中国的方面军。通过联络会议，天皇和统帅部试图与文职政府在政策上协调一致。但是事实证明裕仁不可能实现战争领导上的协调和统一，因为大本营再次促发了陆海军之间的对立，而联络会议是建立在——各国务大臣分别并且是独立辅弼天皇的原则基础上的——最终这一原则并没有得到遵守。
此外，内阁(从总体上)无法控制它的军事成员，因为它的统合能力很弱，另外陆军和海军大臣在内阁的地位独特——享有单独辅弼天皇的独立权限。海军既担心陆军会控制大本营，又害怕削弱自己独立的“统帅权”，在它的竭力主张下，首相和文职官员被排除在大本营之外。裕仁批准了这种设置，但是这种设置降低了效率，在整个战争过程中，妨碍了与文职机构的情报交换和协调。
大本营的设置，使裕仁体会到作为一个积极能动的大元帅在行使权力时变得容易了，而这是他的祖父明治天皇也未做到的事情。天皇的最高命令，被称为大本营陆军令(大陆命)和大本营海军令(大海令)，在直接传达给各方面军司令官、军司令官、经常还有师团长和舰队司令官的过程中，参谋总长和军令部长起的是“传声筒”的作用。实际上，天皇不可能对大本营的所有命令都进行详细检查，但是对于这些命令的最高类型——天皇的最高统帅命令，在统帅部准备传达之前，都要受到裕仁的仔细检查。
统帅部长根据大陆命和大海令发布的较为重要的命令和指示亦是如此。首先是陆军和海军的作战课起草命令，部课长进行修改，然后沿着指挥系统传到次长和总长处，最后，在命令发布之前提交给天皇取得他的许可。就这样，裕仁不但作为一种力量推动了日本整个战争体制，而且作为可以自由行动的个人，仔细地审查和批准了实行侵略战争的政策、战略和命令，因此，天皇的责任是巨大的。
裕仁与大本营之间通过调查问题、告诫以及向统帅部和陆海军大臣认真重复他的指示和质询的方式相互作用。此外，他还学会了如何利用他的地位不断地向他们施加心理压力。平时，他行事温和，可以说更像乔治·C·马歇尔的礼貌仪态，而不像乔治·S·巴顿的风格。然而，他的“质询”相当于命令不能无视。天皇希望变更现行军事行动时，有时也会遇到反对意见，但是只要他坚持就会如愿——即便那意味着统帅部长不得不否定那些与天皇的政策相左的作战部长以及重要部局长们的主张。简言之，统帅部要对一个精力充沛、行动主义的天皇负责，他们永远无法按照自己的想法进行对中国的战争。陆海军大臣也是如此，他们也受到裕仁质询的管制，有时候要做他的出气筒。
此外，有文献史料为证，在各种关键时刻，裕仁不但参与制定战略、决定战役计划、选定时间等，而且还对进行中的现地军事行动进行干涉，以至于如果没有他的干涉某些变化根本就不可能发生，而且这样的行为不在少数，有时甚至每天如此。他还监管、甚至偶尔评论方面军司令向下属部队发布的命令，尽管不能确定他做到了什么程度。
裕仁即位以来一直听取的内阁非正式报告(内奏)，1937年以后由于大本营的设置而得到了加强，它对裕仁的大元帅角色提供了正规的支持。从某种程度上讲，内奏属于天皇提问(御下问)上奏者回答的问答式会见。通常的参加者是统帅部和某几位特定阁僚。这种会见有时已经流于形式。在这些会见中，天皇默不作声地接受大臣或者统帅部的书面或者口头报告(上奏)。在内奏过程中，情报和意见的交换甚至会引发对政策、战略、甚至战术的讨论，然后以日本式的“意见一致”达成决议。其结果是，在内奏后再形成的内阁决议实际上是预先决定好的“成品”。它反映了裕仁的思想，因此不会再被修正。
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